Ο Αλέξανδρος Υψηλάντης ανέλαβε την αρχηγία της εταιρείας στις 12 Απριλίου 1820. Στόχος του ήταν να προετοιμάσει μια μεγάλη εθνικοαπελευθερωτική εξέγερση, που θα συντάρασσε τα Βαλκάνια. Η Φιλική Εταιρεία από την άλλη είχε συμφωνήσει με τους προεστούς της Πελοποννήσου για να γίνει αντιπερισπασμός στη Μολδοβλαχία και σε συνδυασμό με την εξέγερση του Αλή πασά εναντίον του σουλτάνου (που πολλοί πιστεύουν πως η Φιλική Εταιρεία είχε παρακινήσει τους συμβούλους του Αλή που ήταν Έλληνες να τον συμβουλέψουν να εξεγερθεί), να ξεκινήσει η κύρια επανάσταση από την Πελοπόννησο και να επικρατήσεις.
Πρώτη πολεμική πράξη ήταν η διάβαση τον ποταμού Προύθου, στη Μολδαβία στις 22 Φεβρουαρίου 1821 και η είσοδος στο Γιάσι (Ιάσιο). Στις 24 Φεβρουαρίου βγάζει την ιστορική του προκήρυξη που καλεί τους Έλληνες να πάρουν τα όπλα, βεβαιώνοντας ότι "μια κραταιά δύναμις" είναι έτοιμη να βοηθήσει τον αγώνα. Την 1η Μαρτίου αρχίζει την πορεία του προς τη Βλαχία αφού ενώθηκε με τα τμήματα του Γεωργάκη Ολύμπιου, του Φαρμάκη και πολλών Ελλήνων εθελοντών. Μαζί με τον Ιερό Λόχο που είχε συγκροτηθεί από 500 περίπου σπουδαστές των σχολών των πριγκηπάτων, η στρατιωτική δύναμη του Υψηλάντη έφτανε τους 7.000, μεταξύ των οποίων ήταν Βαλκάνιοι γείτονες (Σέρβοι, Βούλγαροι, Αρβανίτες).
στολή Ιερολοχίτη
η διάβαση του ποταμού Προύθου
Η Πύλη Θεωρούσε πρωταρχικό Θέμα την αντιμετώπιση της ανταρσίας του Αλή πασά, αλλά ανησυχούσε σοβαρά από τις φήμες και τις καταγγελίες για εξέγερση στο Μοριά.
Στα πριγκιπάτα η επανάσταση δεν είχε καλή εξέλιξη. Οι Οθωμανοί παρακινημένοι από τους ντόπιους μπαίνουν με ισχυρές στρατιωτικές δυνάμεις στο Βουκουρέστι και ο Υψηλάντης, σε απελπιστική Θέση υποχωρεί αμαχητί προς τα Καρπάθια.
Στις 7 Ιουνίου δίνεται από τους μαχητές τον Ιερού Λόχου η πολυαίμακτη μάχη στο Δραγατσάνι, όσον έπεσαν νεκροί διακόσιοι νέοι σπουδαστές και σαράντα πιάστηκαν αιχμάλωτοι από τους Οθωμανούς. Ο Υψηλάντης υποχωρώντας φτάνει στα αυστριακά σύνορα, συλλαμβάνεται από τους αυστριακούς και φυλακίζεται στο φρούριο του Μούνκατς. Λίγο μετά την αποφυλάκιση του επτά χρόνια αργότερα, Θα πεθάνει από καρδιά.
Δραγατσάνι
Στη Μολδαβία τα τμήματα του Ολύμπιου, του Φαρμάκη και του Καρπενησιώτη συνέχισαν τον άνισο αγώνα με τις οθωμανικές δυνάμεις. Ο Καρπενησιώτης συγκρούεται με τους Οθωμανούς στο Γαλάτσι και τον Προύθο με σοβαρές απώλειες. Ο Ολύμπιος, μετά από πολλές συγκρούσεις, καταφεύγει με έντεκα μαχητές στη Μονή Σέκου, αντιστέκεται ηρωικά και στις 23 Οκτωβρίού βάζουν φωτιά στη μπαρουταποθήκη τον μοναστηριού και τινάζονται στον αέρα μαζί με τους εχθρούς. Ο Φαρμάκης προδόθηκε στους Οθωμανούς από Άγγλους και Αυστριακούς και Θανατώθηκε με φρικτά βασανιστήρια.
